La REUT est plus coûteuse que l’utilisation de ressources conventionnelles, notamment à cause des traitements tertiaires à implémenter pour respecter une règlementation contraignante et des réseaux de distribution à construire et à entretenir. Pour le moment, la règlementation en France suit le principe de précaution qui impose un suivi couteux et qui freine l’expérimentation même encadrée et responsable, condition sine qua non de l’innovation. Or, sans cette innovation et sans une règlementation encadrant l’ensemble des usages, les modèles d’affaires ne pourront pas émerger. Une autre difficulté est le défi de la distribution et de l’investissement pour les infrastructures des projets de REUT, dont la répartition des frais d’entretiens et de renouvellement de ces infrastructures est pour le moment des zones d’ombres que les modèles d’affaires peinent à intégrer. De plus, pour certaines installations, le plus coûteux est le traitement tertiaire en dehors des périodes d’irrigation, car il s’agit d’une demande saisonnière. Aussi, toutes les installations doivent pouvoir diversifier les usages pour assurer la vente d’eau recyclée toute l’année. En outre, il existe une disparité importante de normes et objectifs qualitatifs à respecter entre les eaux brutes (en particulier les eaux de surface) et les eaux de REUT utilisées pour l’irrigation, quand bien même les eaux de REUT présentent une qualité au moins aussi bonne. Il n’existe donc pas de concurrence équilibrée entre ces deux ressources, au prix d’une gestion non durable de la ressource disponible dans le milieu. Cette divergence est l’un des freins principaux de l’utilisation des EUT pour des usages agricoles, mais aussi plus largement pour les usages propres aux collectivités, telles que l’entretien des espaces verts et des espaces sportifs. Or, la commande publique est l’un des leviers majeurs pour l’essaimage de la REUT. La politique de gestion des prix de l’eau potable maintien des prix artificiellement bas grâce à une hypothèque des infrastructures et à une inefficacité de l’application du principe de « pollueur-payeur » ; la REUT n’est donc pas compétitive face à une ressource potable lourdement subventionnée en France. Cet état peu durable pourrait évoluer au vu du changement climatique et des projections démographiques, augmentant les pressions sur la ressource naturelle. Enfin, le véritable prix de la REUT est difficile à établir dû au manque de données de qualités et certifiées sur le prix de l’assainissement, empêchant les chercheurs de pouvoir établir une véritable comparaison des coûts et donc de mettre en lumières les leviers les plus à même de faciliter l’essaimage de la pratique.